12月最值得看的30篇菌群文献!

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① 共生体的概念被认可和传播,人类从根本上改进了对进化、健康、疾病和衰老的认识;② 在发育的不同阶段,肠道微生物有对应特征并充分影响生理功能;③ 衰老进程中,运动减少、营养改变、药物和居住状态变化均会影响微生物及其产物,带来生理和免疫变化;④ 自身基因组很难改变,而微生物组却可通过粪菌移植、益生元/菌、抗生素等众多手段干预调节;⑤ 微生物组的改变会影响大脑和神经功能,人的精神和意识很大程度上也是属于微生物的。

[IF:72.406]① 非酒精性脂肪性肝炎(NASH)与超重和肥胖及代谢综合征密切相关,850万人的调查显示,80%的NASH患者超重或肥胖,72%血脂异常,44%诊断为2型糖尿病;② 肝细胞损伤和死亡是NASH鉴别诊断的关键,肝细胞损伤诱导应激应答;③ PNPLA3和TM6SF2多态性等遗传学因素以及肠道共生菌改变等环境因素,促进NASH和相关肝损伤的发生;④ 准确的诊断包括肝损伤的程度、纤维化的水平,治疗针对代谢应激、炎症和纤维化三个环节,目前正在进行多项临床研究。

[IF:11.908]① 如何将人群研究的数据转化为分子机制研究,以找出影响健康的菌群特性,是菌群研究的一大挑战;② 菌群分子流行病学研究需整合多组学数据(宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组),包括数据的获得、整合、标准化、定量分析;③ 找出疾病相关因素,整合不同研究进行meta分析,并在动物和细胞实验中进行验证;④ 进行菌群分子流行病学研究需考虑实验设计因素、生物信息学数据分析和统计学等具体方法工具,需了解各种方法工具的局限性。

[IF:39.932]① 表皮及肠道的上皮组织中,存在大量的上皮内γδ T细胞,其对上皮组织的完整性、修复、宿主稳态、抑制病原体感染有着重要作用;② 树突状表皮γδ T细胞(DETC)存在与表皮中,在角质细胞损伤的情况下,DETC被活化,从树突状形态变为圆形,并释放胰岛素样生长因子I(IGF1)、角质细胞生长因子(KGF)及KGF2;③ 肠道γδ上皮内淋巴细胞(IEL)分泌KGF,诱导肠道上皮细胞增殖,并增加屏障完整性,在组织损伤后通过分泌TGFβ1促进上皮修复。

[IF:N/A]① 2011年,MetaHIT团队提出“肠型”概念,将肠道菌群分为B、P和F三类;② 这有潜在研究和临床价值,但争议不小,不同人根据不同试验、算法和分析方法,认为菌群应分为2种、4种肠型甚至是连续不可分型;③ 为统一认识和指导实践,29位世界主流菌群科学家联合提出新的肠型分类器及公开比对数据库;④ 新方案充分利用和验证HMP等数据库,综合考虑菌群功能、生态学及临床需求,能更好指示出疾病和健康状态的菌群类型;⑤ 共识仍存局限,但意义重大。

[IF:47.831]① 选取1975-2016年间200个国家的2416项人群研究,分析1.289亿5岁以上人群的平均BMI趋势,包括3150万5-19岁青少年BMI的分层流行情况;② 全球年龄标准化的肥胖发病率,女孩由1975年的0.7%升至2016年的5.6%,男孩由0.9%升至7.8%,严重地区包括库克群岛、瑙鲁、帕劳等;③ 全球中重度低体重率呈下降趋势,印度的发生率最高,女孩/男孩分别为22.7%/30.7%;④ 尽管处在高水平,但高收入国家儿童和青少年平均BMI趋于稳定,部分亚洲国家则仍在上升。

[IF:40.137]① 在结肠炎小鼠模型中定殖不同菌群,生存状况各异,共饲养让菌群有交流,小鼠展现出结肠炎中度敏感性;② 利用“微生物-表型三角剖分法”,发现毛螺菌科可防止疾病,通过定向微生物培养技术,明确Clostridium immunis阻止结肠炎倾向性小鼠死亡;③ 该方法具有普适性,利用它成功鉴定几种诱导一种肠道抗菌肽表达的共生菌;④ 对完全不同的表型,该方法将相关性微生物组分析“升格”为因果性微生物鉴定,预计可在人类微生物组研究中被广泛应用。

[IF:13.678]① 除了胆汁酸和短链脂肪酸,大部分肠道菌群的代谢产物和生理功能不为人所知,2017年,研究者则在三方面取得重大突破;② Cohen等人发现细菌的脂类产物可调节宿主G蛋白偶联受体的活性,并调节GLP1分泌和葡萄糖稳态;③ Guo等人发现细菌的常见产物二肽醛可选择性抑制一些人类蛋白酶的活性;④ 两项同时发表在Cell的研究则表明细菌可提高抗癌化疗药物5-氟脲嘧啶的活性;⑤ 这些研究成果和新方法,为菌群-宿主互作研究、个体化医疗和营养铺平了道路。

[IF:47.831]① 298名2型糖尿病患者随机分为2组,1组进行社区护理引导的体重管理(干预组),1组根据指南进行实践护理(对照组);② 干预12个月后,干预组中24%的患者减轻了15公斤或更多的体重,干预组平均减重10公斤,对照组中没有患者达到15公斤或以上的减重,对照组平均减重1公斤;③ 46%的干预组患者表现出糖尿病缓解,而对照组患者中的这一比例仅为4%;④ 干预组的生活质量评分上升了7.2,对照组则下降了2.9,干预相关的不良事件为胆绞痛及腹痛。

[IF:30.410]① 从哺乳动物的胚胎期开始,大脑中的巨噬细胞——小胶质细胞在大脑发育、稳态和病态中发挥关键性作用;② 根据转录组信号和染色质可接近性,发现小鼠大脑的小胶质细胞经历不同的分化阶段,且具有性别特异性;③ 在无菌小鼠出生前和产后,小胶质细胞都受到损害,尤以雄性胚胎和雌性成年无菌鼠为甚;④ 给成年非无菌小鼠施用抗生素后,小胶质细胞也以雌雄各异的方式受到影响,且长短期均有影响;⑤ 人类胚胎小胶质细胞则与小鼠转录组信号明显重叠。

[IF:10.893]① 胆汁酸是一种内分泌信号分子,可以通过激活胆汁酸受体(如FXR和TGR5)对代谢过程(比如葡萄糖、脂肪以及能量稳态)产生调节作用;② 肠道内的胆汁酸主要靠菌群调节,包括胆汁酸合成相关的酶;③ 胆汁酸与菌群通过FXR和TGR5的相互作用是机体代谢的基础,具体代谢通路跟组织部位有关;④ 对菌群的调节,带来胆汁酸组成的变化,可能会影响代谢病的治疗以及减重手术效果;⑤ 通过益生菌/元、粪菌移植改变菌群与胆汁酸构成是对付代谢病的有效手段。

[IF:11.020]① 自微生物学建立以来一直受到单纯培养的限制,而混合培养模式的出现为了解微生物开辟了另一条途径,也对微生物生态、共生、病理等领域产生了深刻影响;② 而从纯培养到混合培养的转变主要依赖于三项技术的进步:微流体技术,下一代3D生物打印,单细胞代谢组学;③ 这些技术的进步有望在未来实现涉及三种及以上微生物的系统性大规模共生培养研究;④ 相关最新技术包括:传统培养法、微流控技术、基于微滴的封装技术、不同的chamber等。

[IF:14.946]① 菊粉(可发酵膳食纤维)而非纤维素(不溶性膳食纤维)抑制高脂饮食(HFD)诱导的小鼠代谢综合征;② 抑制短链脂肪酸的产生或敲除GPR43基因,不会显著影响这种保护作用;③ HFD扰乱肠道菌群,抑制肠上皮细胞增殖,导致菌群入侵、低度炎症及代谢综合征;④ 菊粉可恢复IL-22的产生、肠上皮细胞增殖及抗菌基因的表达;⑤ 菊粉的保护作用依赖于菌群,抗生素处理或无菌小鼠中菊粉的保护作用降低;⑥ 菊粉通过天然淋巴细胞依赖性途径诱导IL-22的表达。

[IF:14.946]① 正常情况下,肠道外黏液层定殖大量能利用黏液聚糖的细菌,而内黏液层几乎无菌;② 小鼠喂食西式饮食(WSD)后,结肠菌群改变,外黏液层被破坏,内黏液层被侵犯,通透性增加且生长速率降低;③ 将正常饮食喂养的小鼠的菌群移植给WSD小鼠后,可抑制上述的黏液层屏障缺陷;④ 补充长双歧杆菌即可恢复黏液层生长,补充纤维(菊粉)也可抑制黏液的通透性增加;⑤ 若相似现象可在中被验证,可为溃疡性结肠炎等黏液层相关疾病的防治提供更多帮助。

[IF:13.287]① 肠道上皮内含有大量肠道上皮内淋巴细胞(IEL),促进其屏障功能,大多数IEL为T细胞受体(TCR)阳性;② 新鉴定出具有特定属性的TCR阴性IEL亚群,TCR- IEL的类群包括:与天然淋巴细胞(ILC)相似的细胞,表达CD3链的细胞、表达CD8αα的细胞;③ 不同IEL亚群之间存在复杂互作,IEL与肠道上皮细胞(IEC)的互作影响IEL的稳态与功能,IEL亦与肠道上皮外的免疫细胞进行交流;④ IEL在维持粘膜屏障功能完整性中起哨兵作用,IEL应答失调参与发病。

[IF:18.164]① 小鼠分为2组,1组自由进食,另1组喂食等卡路里的食物,但每日仅在2个时间段进食(ITAD);② ITAD进食方式改变了小鼠的节律性自噬及葡萄糖/脂质代谢,后者与进食方式驱动的循环胰岛素改变相关;③ ITAD进食方式减少了肥胖的发生,但增加了肌肉质量(不同于卡路里限制);④ ITAD进食方式促进能量消耗,降低脂质水平,抑制糖异生,防止年龄/肥胖相关的代谢缺陷;⑤ ITAD进食方式改变了肝脏、脂肪组织、肌原、阿黑皮素原神经元特异性自噬。

[IF:9.294]① 不存在适合所有人的通用饮食方式,饮食对个体生理和疾病的作用取决于遗传和菌群等因素;② 遗传差异影响个体对营养的代谢和生物利用度,菌群结构影响菌群功能、代谢产物和代谢调控;③ 用机器学习等计算机技术,对量化的个体健康相关大数据(遗传、菌群、生理指标、饮食营养成分、生活方式等)进行分析,可用于预测个体对饮食的生理反应和设计个性化营养方案;④ 智能手机作为互动终端或有助于提高长期依从性;⑤ 应谨慎对待数据隐私等问题。

[IF:10.597]① 胆汁酸具有抗菌活性,且革兰氏阳性菌对其更敏感;② 但细菌可通过多种防御机制在胆汁酸环境中生存,如改变细胞壁理化性质,选择性的合成核苷酸和脂质代谢相关蛋白,产生胞外多糖、外排泵和转运体等;③ 细菌(乳杆菌属,双歧杆菌属,梭菌属,拟杆菌属)中广泛存在胆汁酸盐水解酶;④ 益生菌(尤其是乳酸杆菌和双歧杆菌)可通过去结合胆盐、胆固醇同化、用去结合胆盐共沉淀胆固醇、催化胆固醇转化为不溶性的粪甾醇等方式,以降低血清胆固醇。

[IF:37.205]① 肠道菌群对药物代谢的的直接作用为生物转化,如亲代化合物的激活或失活;② 间接作用包括:改变宿主基因表达、影响药物在肠道外的代谢;③ 抗生素的使用影响固有菌群的结构;④ 可通过培养细菌并进行体外详细研究、无菌和定殖动物模型、治疗前中后患者的宏基因组调查、大规模临床研究等手段,寻找新的菌群治疗靶点,⑤ 并有助于寻找用于评估药物毒性和疗效的无创性生物标志物,了解外来化合物对宿主和菌群生理学的长期和短期影响。

[IF:12.124]① 抗糖尿病药物可调节肠道菌群,从而改变血浆和粪便中胆汁酸(BA)组成;② 在未治疗的2型糖尿病患者中,用阿卡波糖治疗(而非格列吡嗪)增加了初级BA/次级BA的比例及血浆中非结合BA的水平;③ 阿卡波糖增加肠道中乳杆菌属及双歧杆菌属,减少拟杆菌属,从而改变参与BA代谢的菌群基因的相对丰度;④ 治疗结果取决于治疗前的肠道菌群组成,与普氏菌属主导的肠道菌群相比,拟杆菌丰度较高者在阿卡波糖治疗后血浆BA变化更大,代谢参数改善更明显。

[IF:47.831]① 在一项纳入298名2型糖尿病患者的非盲随机试验中,Michael Lean等人研究了基于社区护理的体重管理对2型糖尿病的影响;② 相比于依据指南进行护理实践的对照组患者,进行体重管理干预的患者的体重显著降低,1/4的患者降低了15公斤或更多的体重,平均体重降低了10公斤;③ 进行体重管理干预的患者的糖尿病缓解比例更高,且生活质量评分提升更多;④ 结果提示,在治疗2型糖尿病时,减重应该是最主要的目标,体重降低可改善胰岛素敏感性。

[IF:18.318]① 现有的肥胖治疗药物包括:苯丁胺、奥利司他、苯丁胺/托吡酯缓释剂、氯卡色林、纳曲酮/安非他酮缓释片、利拉鲁肽;② 苯丁胺为一种可抑制食欲的拟交感神经胺,奥利司他为一种胰腺及胃脂肪酶,抑制脂肪的吸收与利用;③ 苯丁胺/托吡酯缓释剂为拟交感神经胺+抑制食欲药物+缓释性抗癫痫药物;④ 氯卡色林为5羟色胺受体激动剂,纳曲酮/安非他酮缓释片为阿片类拮抗剂+氨基酮类抗抑郁药物,利拉鲁肽为GLP1受体激动剂。

[IF:20.693]① 2017年结肠直肠癌的研究成果对于疾病治疗及患者的生存结果产生巨大影响;② 3个月化疗可能被认作辅助治疗新护理标准,与目前6个月疗程相比,在保证总体疗效的同时降低了III期结肠癌患者的神经毒性风险;③ 针对PD-1的免疫检查点被FDA批准用于高不稳定DNA错配修复缺陷转移性结直肠癌,成为患者进一步治疗的新思路;④ 肿瘤侧性作为具有预后及预测能力的新型生物标记物,可影响RAS野生型转移性结直肠癌患者一线治疗生物制剂的选择。

[IF:7.719]① 肠道菌群对放疗疗效的影响的相关研究较少,但放疗引起的肠道损伤受到菌群的调节;② 环磷酰胺的化疗疗效与菌群相关,广谱抗生素、万古霉素、粘菌素的使用均可降低环磷酰胺在小鼠中的抗癌效果;③ 使用铂盐进行抗癌治疗时,肿瘤浸润髓系细胞发挥的由活性氧介导的抗癌作用受菌群影响,无菌小鼠或抗生素处理后的小鼠铂盐疗效降低;④ 免疫检查点(CTLA-4单抗、PD-L1单抗)的疗效均受到菌群影响;⑤ 菌群还在移植物抗宿主病中发挥重要作用。

[IF:7.478]① 肠内分泌细胞在肠道上皮中占比为1%左右,可在检测到营养物质后释放肽类激素以介导消化;② 肠内分泌细胞分泌的肽类激素包括:胃饥饿素、瘦素、胃动素、促胰液素等,功能包括调节胃酸、食欲、胰岛素、生长激素、胃肠动力等;③ 另外,肠内分泌细胞是肠道菌群代谢产物的关键感受器,可识别病原体相关分子模式(PAMP)并释放细胞因子及肽类激素,直接影响肠道屏障功能;④ 或可通过GLP-1等肽类激素调节肠道免疫细胞的活化。

[IF:37.205]① 生物催化包括海洋、土壤和人类肠道的所有生态系统中的生化动态变化;② 少量基因编码的核心产能代谢通路驱动最主要的动态变化,微生物的生长与这些基因的活性密切相关,并受当前的环境条件约束;③ 对凤梨菌群的测序结果提示,参与不同通路的基因丰度相似,环境约束主要决定这些通路的生长,而对具体的种属的影响较小;④ 整合DNA、RNA和蛋白质测序等数据,建立基因为中心的数学模型,可推动生物地球化学的研究。

[IF:37.205]① 目前进行的粪菌移植中,部分使用的是患者的亲戚或朋友提供的未经感染性病原体检测的粪便,部分使用的是经检测的来自粪便银行的粪便,但对于后者缺少监管措施;② 粪菌移植应作为药物进行监管,除了用于治疗艰难梭菌感染或满足临床创新条件,进行粪菌移植应新药临床试验申请;③ 粪便银行储存的供体粪便需进行监管,需对供体进行筛选及检测并提供安全性数据;④ 从粪便中培养的细菌、特定细菌的组合也需要像生物制品或药品一样进行监管。

[IF:44.405]① NIH及美国农业部用于营养学研究的经费过少,相关主要支持来自于食品工业;② 食品工业资助可能给营养学研究带来偏差,存在得出的结论与实际结果不符的情况;③ 可能的问题包括:推广有害的产品、误导性的营销手段、针对儿童或敏感的群体、企业游说、攻击科学界及科学家;④ 食品企业间存在较大异质性,一些企业的利润依赖于小部分的不健康食品,比较关注短期利益;⑤ 政府应通过联合企业、学术界、非营利组织,尽量保证学术的独立性。

[IF:16.658]① 非肥胖糖尿病(NOD)小鼠模型可分为2群(糖尿病发病率较高及较低);② 将低发病率NOD小鼠的肠道菌群移植给高发病率NOD小鼠,糖尿病发病率并未改变,发现Akk菌无法被移植;③ Akk菌群的丰度与1型糖尿病相关的自身抗体呈负相关;④ 将Akk菌移植给高发病率的NOD小鼠,可促进黏液生成、增加抗菌肽Reg3γ的表达、抑制扭链瘤胃球菌的生长、降低血清内毒素水平、降低胰岛中TLR的表达、促进调节性免疫、延缓糖尿病的发展。

[IF:13.678]① 急性移植物抗宿主病(GVHD)最常累及胃肠道,免疫失调、肠道菌群失衡为主要原因,重症胃肠道急性GVHD预示造血干细胞移植(HSCT)者预后差;② 胃肠道急性GVHD临床表现、血清学和影像学表现非特异,诊断依据临床标准;③ 尚无经临床试验验证的血清生物标记物,仍需内窥镜和组织病理学评估用于排除其他疾病;④ 一旦诊断胃肠道急性GVHD,全身应用糖皮质激素,无效则实行二线治疗;⑤ 需注意重症腹泻、严重营养不良和胃肠道出血的预防与治疗。

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