8月最值得看的30篇菌群文献!

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今天的日报,我们第一次采用“热心肠因子”来对8月我们分享的文章进行排序,并选出前30位做特别分享。大体计算规则:

① 综合考虑杂志的影响因子与用户的关注度(阅读及互动次数等);② 人为增加知识点较为集中的“综述”的权重。相关计算方法我们还在优化,如果你有任何意见和建议,欢迎留言以帮助我们改进。

[IF:13.678]① 内外共生的微生物群落的组成和功能的变化,与各种疾病和健康状态息息相关;② 在大多数病理生理学中,菌群变化是因还是果仍未知,但至少提供了疾病检测和管理的生物标记物;③ 菌群分析可成为二级医疗中的常规组成部分,并正逐步成为多因素疾病中的可改变环境危险因素以及新疗法的靶点;④ 在临床研究中,技术的进步推动一系列强大的菌群分析方法变得可用且成本可控;⑤ 正确选择样本类型和测序平台,能让微生物数据在临床中的效用最大化。

[IF:11.020]① 肠道菌群研究如火如荼,但女性等菌群应被充分重视,它们对生殖和后代健康都有重大意义;② 菌群影响受精、着床和妊娠,而以往被认为无菌的乳腺、膀胱、胎盘、羊水都存在菌群;③ 在婴儿还在母亲子宫里时,微生物萌发、代谢和免疫启动可能就已经发生;④ 细菌性炎等困扰无数女性,但40多年来,在应对膀胱和感染上,并没有突破性进展;⑤ 发现更好的诊断标记物,研发更有效治疗女染的新方法,都能既造福于女性又造福于后代。

[IF:7.883]① 调节肠道菌群通常被认为是治疗肥胖的有效策略,方法包括饮食干预、抗生素、益生菌/益生元、减肥手术及粪菌移植;② 不同疗法面临着不同挑战:饮食干预中的食品添加剂、抗生素对宿主代谢的改变,益生菌/益生元受到宿主初始肠道菌群的影响,减肥手术与肠道菌群改变间的因果联系尚未建立;③ 通过调节菌群治疗肥胖受遗传、年龄、性别、环境菌群、气候、地理及生活方式等多种因素影响;④ 为证实菌群调节疗法在肥胖中的作用,必须考虑多种因素。

[IF:72.406]① 肠衰竭的定义为“功能性肠质量减少至消化吸收所必需的最小值以下”,包括短肠综合征、胃肠蠕动障碍、先天性肠上皮细胞疾病;② 肠衰竭通常伴随着细菌过度生长、结肠炎、高胃泌素血症等并发症,并常发生水与电解质的丢失,以及肠衰竭相关肝病,小儿肠衰竭的死因通常是脱水及营养不良;③ 小儿肠衰竭的治疗方法包括:抗分泌类药物(组胺H2受体、质子泵、洛派丁胺等)、辅助吸收类药物、肠蠕动促进剂、抗生素、益生菌、生长因子等。

[IF:37.205]① 小肠内CD4+ CD8αα+双阳性上皮内T细胞(DP IEL)有免疫调节功能,其来源于内转录因子ThPOK下调的肠道CD4+T细胞;② 无菌小鼠的DP IEL缺失,而小鼠体内的DP IEL数量与罗伊氏乳杆菌相关联;③ 有两株罗伊氏乳杆菌在无菌小鼠或缺失DP IEL细胞的小鼠中诱导产生DP IEL,这两株菌代谢色氨酸产生吲哚-3-乳酸,后者可活化CD4+ T细胞的芳香烃受体;④ 这意味着,或可通过罗伊氏乳杆菌与富含色氨酸饮食,将肠上皮CD4+ T细胞重编程为免疫调节T细胞。

[IF:72.406]① 随机对照试验存在局限:高成本、缺乏外部有效性、不适用于紧急情况或罕见病等;② meta分析、系统性综述、决定分析可合并不同研究的结果,可针对样本量进行校正,无需额外收集数据;③ 前瞻性/回顾性队列研究可建立时间关联,评估罕见的暴露因素;④ 病例-对照研究可高效低成本地分析罕见结果;⑤ 注册登记制度可评估疗法在真实生活中的效果,并可提供罕见疾病的数据;⑥ 横断面研究、生态学研究、大样本观察性研究、病例报告等方法也各有优缺点。

[IF:14.299]① 高血压的发生机制复杂,或与遗传、环境及肠道菌群都有关;② 多吃蔬菜、水果和膳食纤维或能降血压,利用高血压动物模型,发现菌群代谢膳食纤维产生的乙酸、丙酸等短链脂肪酸,与较低的血压有关;③ 越来越多的文献支持肠道菌群在高血压的发生和保持中行使作用,不过关于利用粪菌移植、抗生素或益生菌来调节菌群能应对高血压的证据还非常有限;④ 未来,关于营养、菌群及其代谢产物的研究值得关注,利用饮食调节来干预高血压的方法前景可期。

[IF:4.706]① 肠道菌群在抑郁、自闭症、中风、帕金森病及阿尔兹海默症等疾病中起重要作用;② 疾病患者及动物模型中均存在菌群失调,去除或调节肠道菌群,可影响中枢病理学及行为缺损的严重程度,机制尚未明确;③ 肠道菌群可产生短链脂肪酸等代谢产物,调节免疫信号,并通过交感神经将信号传至中枢神经系统;④ 通过益生菌、益生元、饮食干预等手段靶向调节肠道菌群,可能是一种有效的治疗情绪障碍、神经发育障碍及神经退行性疾病的“精神益生菌”策略。

[IF:7.478]① 梭菌属通过诱导肠道上皮细胞(IEC)产生TGF-β等方式建立适合调节性T细胞(Treg)产生的环境,短链脂肪酸、维生素A等饮食组分促进Treg产生;② 细菌抗原通过杯状细胞、IEC、抗原呈递细胞(APC)、完整入侵等途径接触免疫细胞,促进抗原特异性Treg在派尔氏结及淋巴滤泡中产生;③ 结肠Treg通过CTLA-4结合APC表面的CD80/86,抑制效应T细胞的CD28共刺激信号,或分泌TGF-β及IL-10促进免疫耐受;④ Treg在调节T细胞依赖性IgA中的作用尚未明确。

[IF:9.611]① 脆弱拟杆菌是结肠直肠癌(CRC)患者肠道内最常见的致病菌,前者可直接损伤DNA或通过毒素活化Wnt信号通路,口腔中的具核梭杆菌与CRC相关;② 口腔牙龈二氧化碳嗜纤维菌、产黑普氏菌、缓症链球菌可能与口腔鳞癌相关,肿瘤位点的放线菌门及厚壁菌门丰度降低;③ 口腔缓症链球菌及长奈瑟氏菌与胰腺癌风险增加相关,幽门螺旋杆菌的血清阳性显著增加胰腺癌风险;④ 口腔致病菌可能在肺部定殖而诱发癌变,肺部菌群失调也可能与肺癌相关。

[IF:8.496]① 饲料中分别添加益生菌(植物乳杆菌LP-8)和抗生素,在出生到被宰杀的四个时间点,记录肉鸡表型并测定粪便菌群;② 益生菌降低饲料转化率(FCR),诱导最高水平的免疫响应并加速肠道菌群成熟,而抗生素明显阻碍甚至延缓菌群成熟;③ LP-8刺激乳杆菌属细菌生长并促进细菌关联网络的有益变化,抗生素则让菌群属水平间的相互作用更少更弱;④ “肠道菌群成熟指数”或可定量比较饲料添加剂对动物微生态学的影响,益生菌有替代抗生素的巨大潜力。

[IF:22.845]① 将碳源从糖类转为色氨酸,高度适应性的乳杆菌(如罗伊氏乳杆菌)会迅速增殖并产生芳香烃受体(AhR)的配体吲哚-3-乙醛,这促进AhR依赖性的IL-22转录;② 依赖于IL-22的黏膜反应平衡促进多样性菌群定殖,抑制白色念珠菌的定殖并保护黏膜免受炎症;③ 这是第一次明确发现,肠道菌群代谢色氨酸产生的代谢产物,对维持哺乳动物肠道免疫平衡至关重要;④ 也是第一次发现饮食中的色氨酸可以通过肠道菌群来影响宿主-真菌的共生状态。

[IF:6.080]① 二甲双胍是临床上治疗2型糖尿病的一种药物,因其安全,有效和廉价等特点而得到广泛应用,但其具体的作用机制及对机体的影响还存在争议;② 之前认为二甲双胍可以作用于呼吸电子传递链或AMPK,mTOR等通路,通过影响能量代谢来降低血糖水平,现在开始关注其与肠道微生物及免疫系统的关系;③ 研究表明二甲双胍可以改变人肠道菌群组成,并影响菌群代谢产物及胆酸,肠激素的产生;④ 二甲双胍可通过影响AMPK等代谢通路影响免疫细胞的功能。

[IF:37.205]① 平衡的肠道菌群中,一般厚壁菌门和拟杆菌门的专性厌氧菌占优,兼性厌氧的肠杆菌扩张则是微生态失衡的标志;② 丁酸盐下调NOS2的表达、iNOS的合成和上皮产生的氮,宿主通过PPAR-γ感受丁酸盐;③ 菌群诱导的PPAR-γ信号传导,驱动结肠上皮细胞的能量代谢向β-氧化转化,限制肠腔氮的生物利用度;④ 上皮PPAR-γ信号传导缺失促进结肠上皮氧合;⑤ PPAR-γ信号传导与Tregs协同维持结肠细胞缺氧,减少肠杆菌的呼吸电子受体,防止其生态失调性扩张。

[IF:3.061]① 了解益生菌的正确定义;② 菌群水解产物、非活性细菌及非定殖孢子不能被视为益生菌;③ 对益生菌产品中的菌株有详细了解;④ 在单菌株或多菌株产品中做出正确选择;⑤ 防止益生菌菌株或产品中的抗生素耐药性基因;⑥ 选择对胃肠道环境有耐受性的益生菌菌株;⑦ 选择的益生菌菌株必须能够在肠道中定殖;⑧ 尽量选择那些可与肠道菌群正面互作的菌株;⑨ 确认所选益生菌菌株的安全性,评估服用益生菌之前的健康状态;⑩ 选择有明确临床效果的益生菌。

[IF:6.429]① 宿主对肠道菌群的免疫反应包括:杯状细胞分泌粘液糖蛋白、浆细胞分泌IgA、上皮细胞通过TLR或NOD2依赖性途径分泌抗菌蛋白;② 另外,肠道树突细胞采样脆弱拟杆菌的多糖A(PSA)可诱导产生调节性T细胞(Treg),后者分泌IL-10;③ 炎性肠病(IBD)是由对肠道菌群的过度免疫应答引起的慢性炎症性疾病;④ 许多易感基因(NOD2、IL-23R等)和环境因素(饮食、抗生素、压力)可干扰肠道菌群与宿主免疫系统之间的相互作用。

[IF:14.946]① 真菌的特异性表征方法通常为真菌rDNA “内部转录间隔区”(ITS1或ITS2)的PCR扩增和测序,目前最常用且成熟的提取的真菌ITS序列数据库为UNITE;② 真菌菌群分布于胃肠道、泌尿生殖系统、呼吸道、皮肤、口腔等处;③ HIV感染可能改变口腔真菌组成,IBD患者的肠道真菌不同于健康人,代谢性疾病、肺部疾病、皮肤病等不同疾病状态下真菌菌群均可发生变化;④ 靶向真菌群落的疗法包括:真菌益生菌、酵母细胞壁成分β-葡聚糖、口服抗真菌药物等。

[IF:44.405]① 分析涉及13833名潜在肺炎儿童的23项前瞻性队列研究,放射性肺炎的发病率分别为19%(北美)和37%(非北美);② 没有任何单一症状与肺炎强烈相关,不过有2项研究表明了胸痛与肺炎的相关性;③ 发热(>37.5°C)、呼吸急促(>40次/分钟)等与肺炎无强相关性,听诊无法用于肺炎诊断;④ 中度低氧血症(血氧浓度≤96%)以及呼吸功增加(喘鸣、皱缩、鼻翼煽动)则是与肺炎最相关的迹象;⑤ 正常血氧状态(血氧浓度>96%)预示肺炎可能性降低。

[IF:14.946]① 新方法能更准确分析现代饮食中主食的分子结构,并分析不同品种和加工方法对营养指标的影响;② 加上对菌群结构和食物生物转化的理解,这些知识对农业、食品加工和改善食物营养价值和健康状态的策略产生深远影响;③ 需重点考究:纳入哪些主食最合理?哪些食品加工废渣具有巨大营养价值?哪些食物有利于菌群转化出维持健康的代谢产物;④ “菌群导向性食物(MDF)”的概念应被重视,母乳低聚糖的相关研究经验可为MDF研发提供重要参考。

[IF:1.000]① 茶多酚(Tea Polyphenols,TP)是茶叶中多酚类物质的总称,包括黄烷醇类、花色苷类、黄酮类、黄酮醇类和酚酸类等;② TP具有多种生物活性,然而生物利用度低,只有小部分可以被小肠直接吸收,大部分未被吸收的部分进入大肠;③ 在大肠,肠道菌群通过多种途径代谢TP并产生多种结构不同的产物,累积发挥生物效应,由此TP可能调节肠道细菌多样性和丰度,改善宿主健康;④ 相关领域越来越受关注,关于TP乃至茶叶的健康益处研究因此全新展开。

[IF:3.154]① 介绍一个名为PROBIO的益生菌数据库,提供了448个已经上市的益生菌菌株的功能及综合信息;② 167个进行过临床试验/现场试验、382个有研究报道;③ 329个为人类益生菌、89个为动物益生菌、52个为植物益生菌;④ PROBIO益生菌数据库可用于、动物及植物研究,一些文献已经报道了利用其中的益生菌数据进行研究的潜在应用,可用于探索益生菌功能及机制,并帮助寻找新的益生菌;⑤ 目前,PROBIO数据库可免费访问。

[IF:16.658]① IBD患者的肠道菌群多样性下降,拟杆菌门(主要是普氏菌属)减少,放线菌门及变形菌门(主要是侵入性大肠杆菌和梭杆菌属)增加;② 粘膜功能(脂质代谢等)发生改变,厚度降低,屏障功能减弱,细菌易位增加,导致促炎症反应及组织损伤;③ 尚未鉴定出与IBD相关的特异性细菌物种,利用肠道菌群区分不同类型的IBD也较困难;④ 宏基因组/转录组测序或代谢分析,结合细菌培养、代谢组学/蛋白组学方法,可在未来更好地鉴定出IBD的菌群生物标记物。

[IF:30.410]① 在肠道中鉴定出一类新的调节性天然淋巴细胞(ILC)亚群——ILCreg,其基因表达特征不同于传统的ILC及调节性T细胞(Treg);② 在刺激肠道炎症发生的过程中,ILCreg在肠道中被诱导产生,通过分泌IL-10以抑制ILC1及ILC3的激活,从而在先天性肠道炎症中起保护作用;③ 同时,ILCreg可在先天性肠道炎症中诱导产生TGF-β1,自分泌性TGF-β1可持续性地维持ILCreg的扩增;④ ILCreg在先天性免疫反应中起重要的抑制作用,可缓解肠道炎症。

[IF:4.686]① 肠道屏障完整性缺失导致细菌抗原易位增加,刺激肠道粘膜的炎症反应,是IBD的核心病理特征;② 肠道黏液及细胞间的紧密连接(TJ)在维持肠道屏障完整性中发挥了重要作用;③ 黏液中的黏蛋白将肠道上皮与内腔分隔开,黏蛋白生成或处理缺陷与IBD相关;④ TJ位于上皮细胞顶层及侧边的膜表面,形成细胞旁路密封层,调节离子、溶剂的进出,并维持细胞极性;⑤ TJ由一系列穿膜蛋白和胞质蛋白构成,包括封闭蛋白、闭合蛋白等,TJ蛋白的表达与IBD相关。

[IF:3.550]① 肠道菌群失调可能通过促进心血管疾病(CVD)的2个主要风险因子(动脉粥样硬化及高血压),参与CVD的进展;② 肠道菌群失调通过代谢依赖性及代谢非依赖性的途径参与动脉粥样硬化的进展;③ 代谢非依赖性途径为MYD88介导的TLR4信号通路,由循环中的LPS增加引起;④ 代谢依赖性途径包括胆汁酸、氧化三甲胺(TMAO)、丁酸盐相关的信号通路;⑤ 肠道菌群失调通过增加氧化低密度脂蛋白(oxLDL)的水平,引起血管收缩,促进高血压。

[IF:9.141]① 某些肠道细菌与烷化剂、免疫检查点等药物协同,加强对实体瘤的免疫反应;② 一些乳杆菌属菌株增加促炎症因子水平及NK细胞活性/细胞毒性,降低IL-6水平,增加CD8+/CD4+ T细胞比例;③ 双歧杆菌属菌株或促进PD-1/PD-L1单抗药物的疗效,脆弱拟杆菌或与CTLA-4单抗药物的疗效增强相关;④ 海氏肠球菌及Barnesiella intestinihominis或与环磷酰胺的抗癌作用相关;⑤ 潜在有益菌的“鸡尾酒”组合、特制饮食或膳食补充剂,或将在抗癌中大有可为。

[IF:37.205]① 肠道菌群将食物中的黄酮类化合物代谢成脱氨基酪氨酸(DAT),后者增强I型干扰素(IFN)信号并减少肺部免疫病理,从而防止流感;② 在肠道中发现orbiscindens梭状芽胞杆菌产生DAT,将其移植到经抗生素处理后感染流感病毒的小鼠,能缓解症状;③ DAT通过引发I型IFN信号的放大回路,刺激一系列下游基因表达,并增强和调节巨噬细胞、抗原提呈细胞、T细胞等的功能;④ 肠道里由微生物产生的DAT,通过体内循环输往全身,在远端产生保护作用。

[IF:44.405]① 临床检测呼吸道感染病毒,可区分细菌感染并促进临床决策;② 方法很多,但一线医生很少对检测的临床效果和特异性适应症有批判性思考和讨论;③ 事实上一些测试仅有很弱诊断特征、不能准确指示疾病阳性和因果关系、测试结果延误、并发细菌感染和多种病毒同时出现,都让病毒检测或不可信;④ 对免疫能力正常并展现出典型病毒性呼吸道感染症状的儿童,可直接作出临床诊断,在选择可能无助于临床治疗且不太舒服、昂贵的病毒检测之前,三思而行。

[IF:40.137]① 共生菌群在宿主生态系统内进化以更好地彼此竞争,宿主则需要保持对菌群生态系统的控制;② 宿主控制菌群的手段包括:促进有益菌群向后代的迁移、利用上皮屏障及黏液将菌群进行隔离并限制菌群进出、通过识别菌群的表面分子或根据菌群的功能靶向调控菌群;③ 菌群内部的竞争也对菌群生态系统起了重要的调控作用,竞争导致的结果是:宿主体内的菌群对外界的扰动有较强的抵抗作用以保持菌群稳定,并且菌群的功能有一定的冗余性。

[IF:16.658]① 选取50名胃肠道健康志愿者,其中22名有抑郁或焦虑症状,另外28名作为对照;② 相比与对照组,焦虑及抑郁患者的脂多糖(LPS)生物合成、三羧酸循环等相关基因表达增加,赖氨酸生物合成、孢子形成、细菌趋化性等相关基因减少;③ 焦虑及抑郁患者的血浆LPS显著增加,连蛋白及脂肪酸结合蛋白-2(FABP2,两者可作为肠道失调及肠道屏障通透性增加的生物标记物)显著升高;④ 焦虑与抑郁可能与肠道失调及肠道屏障完整性受损相关。

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